1938−1939-жылдарда Кыргыз ССРинин Тянь-Шань округунун бир жылдык айыл чарба мектеби болуп ачылган.

Кыргыз ССР Министрлер Советинин 1975-жылынын 3-октябрындагы № 504 Токтомунун негизинде Нарын айыл чарба техникуму болуп кайрадан түзүлгөн.

1996-жылдын 22-майынан тартып техникум Кыргыз Республикасынын Президентинин Указы менен Нарын мамлекеттик университетинин алдында структуралык бөлүм болуп кирген.

Кыргыз Республикасынын Билим берүү жана илим министрлигинин 2008-жыл 7-август № 487/1 буйругунун негизинде НМУнун алдындагы Айыл чарба техникумунун аталышы Агрардык экономикалык колледж болуп өзгөртүлгөн.

Агрардык экономикалык колледжинин Педагогикалык кеӊешинин 2021 -жылынын 26-февралындагы токтомунун жана НМУнун Окумуштуулар кеӊешинин 2021-жылдын 26-февралындагы № 19-токтомунун негизинде Нарын мамлекеттик университетинин агрардык-экономикалык колледжинин аталышы С. Нааматов атындагы Нарын мамлекеттик университетинин Агрардык техникалык-экономикалык колледжи болуп өзгөртүлгөн. Кабыл алынган чечимдердин негизинде окуу жайдын аталышындагы жана Уставындагы өзгөртүүлөр 2021-жылдын 25-мартында Нарын облустук юстиция башкармалыгынан кайрадан каттоодон өткөрүлгөн.