Миссия НГУ им. С. Нааматова — способствовать социально-экономическому развитию Нарынского региона через качественное образование и научные достижения.
Видение. Нарынский государственный университет им. С. Нааматова (НГУ) — региональный вуз с соответствующей инфраструктурой, осуществляющий подготовку высокообразованных, конкурентоспособных специалистов на рынке труда, стратегической целью которой является: «Повышение качества подготовки, переподготовки и повышения квалификации необходимого и достаточного количества высокообразованных и востребованных специалистов, научно-педагогических кадров и развитие фундаментальных и прикладных исследований по важнейшим направлениям образования и науки для Нарынской области».
К 2030 году Нарынский государственный университет имени С. Нааматова станет ведущим региональным центром академического и научного лидерства, интегрированным в международное образовательное пространство, обеспечивающим высокое качество подготовки специалистов и развитие инновационной деятельности